La Kunoichi ha tenido un rol importantísimo en la historia del Ninjutsu, utilizándose como espías, mensajeras u observadoras.

La mujer Ninja era al mismo tiempo el arma más seductora y traicionera. Podía excitar y seducir al más rudo enemigo, tenía un entrenamiento mixto que comprendía la delicadeza de una Geisha y las crueles habilidades del Ninja. Las Kunoichi utilizaban con preferencia la espada Shinobi Ken con una longitud de 70 cm., también usaban cuchillos, dagas, dardos y otras como shuriken, shaken, tetsubishi, Kanzashi (una varilla afilada que usaban para sujetar el cabello). Eran expertas en la utilización de venenos.
Estas mujeres no solamente se formaban en el arte de la guerra, sino también en artes como la música, la danza, el canto y otras actividades. Podían pasarse disfrazadas de campesinas o hasta de personalidades de altos cargos de la noble.

En el siglo 16 Chiyome Mochizuki, la esposa del Shogun Moritoki Mochizuki, creó una de las redes más grandes de Kunoichi que se han conocido. Durante las guerras en las provincias de Japón, ella creó una escuela secreta de Kunoichi para muchachas jóvenes, quienes habian quedado huerfanas en las constantes guerras civiles alrededor del país. Chiyome organizó sus Kunoichi, llamadas Mikko, para ser guardianes de templos, altares, y santuarios.

Hatsumi Sensei dice que la mayor arma de una Kunoichi es su delicadeza como mujer, la femineidad al moverse, su mirada y gestos. En las 9 escuelas de la Bujinkan tenemos historias de Kunoichi que fueron famosas por sus acciones y valor. . La Kunoichi es una de las principales fuentes de información del Ninja debido al enorme deseo que inspiran y a su libertad de acción, pudiendo tener acceso a los secretos mas ocultos.

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